Ovo je priča o dva bliska prijatelja, Toono Takaki i Šinohara Akari, koji su razdvojeni prostorom i vremenom: Part 1 — Posebni Trešnjini Cvetovi (26min) — Šinohara Akari je morala da napusti Tokyo nakon što je završila osnovnu školu, jer su njeni roditelji zbog posla morali da se presele u drugi grad. Jaka osećanja između Takaki i Akari ih drži u kontaktu, ali oni brinu da se više neće videti. Onda, jednog dana, Takaki saznaje da ća njegova porodica takođe da se preseli u Južniji deo Japana, i on odlučuje da iskoristi poslednju šansu da poseti Akari vozom... Part 2 — Astronaut (21min) — Godine su prošle, i Takaki i dalje piše mejlove namenjene Akari, ali joj ih nikada nije poslao. U međuvremenu Sumita Kanae, njegova drugarica, gaji osaćanja prema Takakiu, ali ona nema hrabrosti da mu prizna da ga voli... Part 3 — 5 Centimetara u Sekundi (16min većina muzički klip) — Takaki radi kao Kompjuterski programer, povremeno prisećajući se svom dotadašnjeg života - i ljubavi. Jednog dana, na pružnom prelazu, iznenada prolazi žena koja mu izgleda poznato...