U svetu nalik našem iz vremena između dva svetska rata vladaju malo drugačiji zakoni fizike i alhemija je veoma razvijena. Majka dva brata umire od neizlečive bolesti i oni ostaju sami. Dolaze na ideju da nauče kako da koriste alhemiju kako bi nju vratili u život. Međutim, kada su pokušali svoju ideju da sprovedu u delo, događa se tragedija. Naime, stariji brat Edvard Elrik ostaje bez leve noge, a Alfons Elrik gubi celo telo. Elrik, kako bi spasao svoj brata žrtvuje svoju desnu ruku i vezuje bratvoljevu dušu za metalni oklop koji se nalazio u prostoriji. Kasnije, Elriku porodični prijatelji pomažu da dobije veštačku ruku i nogu i braća odlučju da ostave pređašnji život za sobom i priključuju se Državnim alhemičarima koji rade pri vojsci. Cilj im je da nađu način da Alfonsu vrate telo, a prvi korak ka tome je potraga za legendarnim kamenom mudrosti…