Kenshin Himura je napustio svoj zanat profesionalnog ratnika i smirio se sa Kaoru i ostalim prijateljima. Ali vlada Meijija dolazi sa molbom za pomoć. Naime, Makoto Shishio, bivši ubica (kao što je bio i Kenshin), je izdan, zapaljen i ostavljen da umre. Ipak je preživeo i došao u Kyoto sa namerom da sa okupljenim ratnicima sruši novu vladu. Uprkos Kaorinim željama, Kenshin nerado pristaje da ode Kyoto i svojim mačevima pomogne zemlji da opet ne uđe u građanski rat.