Četiri kornjače – Leonardo, Rafaelo, Donatelo i Mikelanđelo – pod vođstvom Splintera, mudrog pacova, svakodnevno se bore protiv zla, kriminala i nepravde, savršeno poznavajući borilačke veštine. U njihovim avanturama pomaže im lojalna televizijska repoterka Ejpril O’nil, koja je slučajno prebačena u Japan u 17. veku. Kornjače kreću u ludu poteru po Japanu, gde uživaju učeći drevne borilačke veštine, ali moraju da se suprotstave zlom Lordu Norinagi kako bi osvojili čarobno žezlo koje će im omogućiti povratak kući. Usput će spasiti malo selo od okrutnih nasilnika i jesti rižu umesto omiljenih pica.