Vođeni likom majstora Splintera, nindža kornjače uvek su spremne da se bore za bolji svet. Zlikovci su žešći nego ikada, svet u velikoj opasnosti, a maskirani kostolomci nikada spremniji da povrate staru slavu.

Učitelj mladih nindža kornjača, pacov Splinter, trudi se da održi borbeni duh svojih razigranih učenika.

On će im i te kako zatrebati kada u Njujorku počnu da se dešavaju čudne stvari. Bogati industrijalac Maks Vinters, da bi zavladao svetom, pokreće vojsku drevnih čudovišta. Jedino borilački tim supernindža - Rafaelo, Donatelo, Mikelanđelo i Leonardo, mogu da se odupru čudovišnoj najezdi koja preti da pokori svet.